环境工程（水污染控制工程）：土壤与水体中污染物质理化和生化行为以及吸附、絮凝沉淀、生物降解和转化机理，有效生物群落综合净化功能及其工艺与技术；吸附介质材料、优势微生物与生物试剂、人工湿地污水处理组合技术，水体中典型污染物的生态修复原理与技术；修复植物、微生物及复合生物群落模式、抗污染有机专用菌肥、农业面源污染与水土流失生态拦截、污染区生态化利用模式等工程技术。
环境科学（环境污染控制化学、环境规划与评价）：土-水-植物系统中污染物的环境物理化学、生物化学及环境毒理行为及其影响因素，复合污染对陆地与水生态系统的影响及机理，生物对污染物的响应与污染预警；土壤污染控制机理及污染耕地的农业安全利用，环境友好型土壤改良剂、固化剂、阻控剂、调理剂改良土壤环境的原理及其应用；土壤C、N 等大量元素循环及其对环境变化的响应。
环境生物学（环境生物与生态修复工程）：优势抗污生物的选育、复配及其抗性机制与净化原理；有机废水与城市生活污水的生化处理工艺及技术；污染土壤的原位与异位生物修复工艺及技术；抗污生物的环境分子生物学机制及其基因工程技术。
清洁生产与废物资源化（清洁生产技术、农林废弃物资源化利用技术）：重污染行业的3R（回收、再生、回用）技术开发及推广应用、无损分离回收技术、重污染工序的污染零排放；农林废弃物的综合回收利用；清洁生产设备、剧毒化学品替代物开发。
